El Congreso Ganadero es la máxima instancia de FEGABENI y lo conforman:
Un director elegido por las asociaciones.
Un director en representación de todas las organizaciones productivas pecuarias afiliadas de carácter departamental.
Dos delegados titulares por cada asociación afiliada en las provincias en donde tengan cuatro o más asociaciones.
Tres delegados titulares de Organizaciones Productivas Pecuarias.
Miembros del Comité Ejecutivo.
Miembros del Tribunal de Honor.
Se reúne de forma ordinaria cada dos años y de forma extraordinaria cuando sea requerido por el Directorio o a solicitud expresa y fundamentada de por lo menos tres miembros del Directorio.